A equipe do "Shakhtar" nasceu em maio de 1936, com o nome de "Stakhanovets". O nome "Shakhtar" surgiria somente dez anos mais tarde, já em 1946. O seu primeiro nome era uma homenagem a Alexei Stakhanov, o lendário mineiro da Donbass (bacia carbonífera do Donets). Popularmente, o clube também era conhecido como "Os Mineiros". O "Shakhtar" (mineiro em ucraniano) é o orgulho da Donbass, terra de muitos operários das minas de carvão. Prova disso é que em épocas de vitórias do time aumentava a extração de carvão nas minas, assim como a produtividade nas usinas siderúrgicas e fábricas da região.

No período soviético, a equipe do "Shakhtar" alcançou grande sucesso esportivo, principalmente na Copa da URSS. Por seu caráter inabalável, união do coletivo e capacidade de lutar até o último minuto, o time do "Shahtar" (Shakhtyor, em russo) era muitas vezes chamado de “equipe da copa". No início da década de 60 do século passado, sob a orientação do técnico Oleg Oshenkov, o "Shakhtar" jogou por três anos consecutivos na final da Copa da URSS, tendo saído vencedor e ganho a Copa honorária duas dessas vezes (em 1961 e 1962). Mais tarde, em 1980 e 1983, os mineiros voltaram de novo a conquistar a Copa da URSS.

Nas competições dos campeonatos da URSS, o "Shakhtar" também conseguiu resultados de grande destaque. Ele ficou duas vezes em segundo lugar (1975, 1979) e o mesmo número de vezes em terceiro (1951, 1978). Em 1984, o "Shakhtar" ganhou a distinção de "Melhor Time da URSS" ao vencer a Supercopa do país.

Em 1991 se deu o colapso da União Soviética e teve início um novo período na História da Ucrânia independente. Para os ucranianos, o "Shakhtar" é o líder consensual do futebol nacional. Atualmente, a equipe de Donetsk conquistou por seis vezes o título de Campeã da Ucrânia (2002, 2005, 2006, 2008, 2010, 2011), ganhou sete vezes a Copa da Ucrânia (1995, 1997, 2001, 2002, 2004, 2008, 2011) e em 2005, 2008 e 2011, os mineiros se tornaram os vencedores da Supercopa da Ucrânia.

Um novo marco na história do clube se deu em 1996, quando Rinat Akhmetov tomou as rédeas do "Shakhtar". O novo presidente do clube assumiu o compromisso de fazer do "Shakhtar" um clube de elevado nível europeu.

Atualmente, o “Shakhtar” participa regularmente na mais prestigiada competição de clubes do futebol europeu: a Liga dos Campeões da UEFA. Pela primeira vez na história do futebol ucraniano, os "mineiros" venceram a Copa UEFA, quando em maio de 2009, no jogo da final, o "Shakhtar" venceu por 2-1 o clube “Werder” de Bremen, com o gol da vitória marcado por Jadson.

O clube possui um centro de treinamento e formação esportiva supermoderno, instalado na povoação de Kirch e reconhecido pelos peritos como um dos melhores polos de treinamento da Europa. Em agosto de 2009 teve lugar a inauguração do novo estádio da equipe, o "Donbass Arena", com uma capacidade para 51.504 espetadores. Antes disso, o time jogava no estádio "Shakhtyor" e no RSK (Complexo Esportivo Regional) "Olimpisky".

A temporada 2012/2013 foi de verdadeiros recordes para o Shakhtar. Começando com a conquista da Supercopa (10/07/2012 – Metallurg D 0x2 Shakhtar ), a equipe até o final da temporada estabeleceu vários recordes a nível nacional e clubístico. Entre eles está a vitória em todos os jogos do primeiro turno (foi a primeira vez na história da Premier Liga ucraniana que isto aconteceu!), a mais longa série de vitórias consecutivas (24 jogos) e a mais longa série de gols consecutivos (34 jogos). O Shakhtar liderou a tabela de classificação ao longo de toda a temporada e confirmou o seu título de campeão quatro rodadas antes do final do campeonato por uma enorme margem de 13 pontos. Além disso, a equipe conquistou pela 9ª vez a Copa da Ucrânia, repetindo assim o recorde nacional.

Entre as realizações pessoais dos jogadores, assinalamos o magnífico resultado de Henrikh Mkhitaryan, na altura meio-campista do Shakhtar: ao longo da temporada ele bisou seis vezes e fez um hat-trick, com isso estabeleceu um novo recorde nacional e se tornou o melhor artilheiro do Campeonato da Ucrânia 2012/2013 com um resultado de 25 gols.

Na Liga dos Campeões, apesar da força dos principais adversários – a Juventus e o Chelsea– o Shakhtar conseguiu chegar às oitavas, onde enfrentou o Borrussia Dortmund. Os torcedores do clube lembram particularmente a vitória em casa sobre o Chelsea (23 de Outubro de 2012, placar final: 2x1) e o duelo que terminou em empate no jogo contra o Borussia no dia 13 de fevereiro de 2013 (2x2).

Na temporada de 2013/14, o técnico dos 'mineiros', Mircea Lucescu, teve como principal tarefa voltar a criar praticamente de raiz uma equipe eficiente, já que Willian, Henrik Mkhitaryan, Fernandinho e Razvan Rat saíram esse ano do Shakhtar.

No final do primeiro turno, quando começou a pausa de inverno, o Shakhtar liderava sozinho a tabela, mas no grupo da Liga dos Campeões, onde tinha jogado com o espanhol Sociedad, o alemão Bayer e o Inglês Manchester United, ficou em terceiro lugar. E se no campeonato nacional o Shakhtar conseguiu, em uma luta ferina, ultrapassar o Dnipro e o Metalist, já na Liga Europa não foi capaz de se classificar para a fase seguinte. A crise política que entretanto surgiu na Ucrânia não permitiu iniciar o segundo turno do campeonato na altura devida. Parte dos jogos foram feitos sem torcida e a última partida a ser jogada em casa, o Shakhtar acabou indo jogar em Cherkássi. Mesmo assim, a uma rodada de terminar a temporada, o Shakhtar, pela quinta vez consecutiva e pela nona em toda a sua história, se consagrou campeão da Ucrânia.